Nieto fue redescubierto hace dos décadas durante las investigaciones académicas de campo de Orlando Fals Borda, un reconocido historiador y padre de la sociología moderna en Colombia. Fals Borda ya había reconstruido la vida de Nieto Gil cuando descubrió en las mazmorras del palacio colonial de la Inquisición, de Cartagena, un retrato al óleo de Nieto Gil que se pudría entre escombros, papeles inservibles y muebles de desecho expuestos a la humedad.

El cuadro había sido pintado antes de que Nieto Gil fuera presidente de Colombia entre el 25 de enero y el 18 de julio de 1861, durante un vacío de poder entre Mariano Ospina Rodríguez y el segundo de cuatro del general liberal Tomás Cipriano de Mosquera.

Al mismo óleo le fue pintada después la banda presidencial cuando Nieto Gil asumió el cargo y tras su muerte el retrato fue enviado a París «para que fuera retocado a la manera de un mandatario francés, el mismo que de retorno se colocó en los salones del Museo Histórico de Cartagena, hasta cuando fue retirado en 1974«. Mientras estuvo expuesto, el retrato no era presentado como el único de un desconocido presidente de Colombia, sino como el de un antiguo general costeño del siglo XIX.

En París, con la restauración de 1974 reapareció el hombre negro original, que en realidad se cree fue más bien un mulato caribe de los que, en todo caso, en Colombia son considerados negros.

La imagen reparada del prócer no fue del agrado de la academia ni de la élite cartagenera, tradicionalmente blanca, de estirpe y nostalgias españolas, y fue a dar a las mazmorras del palacio de la Inquisición. «Estaba con muchas cosas allí, arrumbado. Estaba prácticamente tirado».

El nombre de Nieto Gil nunca ha estado en los textos oficiales de historia de Colombia. Sobre el período que le correspondió, en las escuelas se enseña que simplemente fue ocupado por el final del gobierno del presidente Ospina Rodríguez y el comienzo del segundo de Mosquera.

La circunstancia de que Nieto Gil haya gobernado solamente durante seis meses no parece suficiente para excluirlo de la historia.

Juan José Nieto Gil nació el 24 de junio de 1805 en Cibarco, departamento de Atlántico y murió en Cartagena el 16 de julio de 1866.Nieto Gil era, según Fals Borda, «fornido, de piel cetrina clara (o trigueña oscura), ojos zarcos verdosos, nariz recta y amplia, labios finos, cejas arqueadas y cabello negro medio rizado». Fue autodidacta y masón. En 1839 fue elegido diputado de la Cámara Provincial de Cartagena. Participó en la guerra civil conocida como de los Supremos, estuvo preso y luego vivió exiliado durante cinco años en Kingston, Jamaica, de donde regresó a Cartagena en 1847. Fue el primer novelista que tuvo Colombia como autor de La hija de Calamar y Los moriscos, entre otras, cuyos textos, al parecer, se perdieron.

Para la época de Nieto, Colombia era una confederación de estados unidos y el 3 de julio de 1860 decretó que el estado de Bolívar que él gobernaba se separaba de la Confederación Granadina o Estados Unidos de la Nueva Granada.

El 25 de enero de 1861 Nieto Gil dictó un decreto por medio del cual asumió la Presidencia.

El artículo primero, decía: «Me declaro, desde hoy, en ejercicio del poder ejecutivo de los Estados Unidos de la Nueva Granada, con el título de Presidente de la Unión, en cuyo empeño estaré hasta que haya confianza oficial de haberse encargado del mismo poder ejecutivo Tomás Cipriano de Mosquera y esté franca la comunicación de los estados de la costa con el interior».

Por medio del mismo decreto, Nieto Gil fijó la capital en Cartagena de Indias, donde asumió el poder supremo «en una fastuosa ceremonia, donde le ciñeron la banda presidencial», escribió el extinto periodista e historiador bogotano Gabriel Cabrera en un ensayo sobre Nieto Gil publicado en El País, de Cali, el 23 de agosto de 1998, bajo el título de «Un presidente borrado de la historia». Cabrera considera que «es prácticamente seguro que fue Mosquera el primero en querer ignorar la Presidencia de Nieto».

Quizá sea cierto el temor que, antes de morir, Fals Borda confesó: «Mi hipótesis es la de que a Nieto lo excluyen por negro y por costeño».